Het verschil tussen de twee is wat er gebeurd met de mails die op de server staan.
POP3
POP3 is een van de populairste protocollen. Echter wordt POP3 niet meer aangeraden wanneer je met meer dan één apparaat werkt die je mail moet kunnen ophalen. (Bijvoorbeeld een smartphone en een computer).
Bij POP3 is het zo dat de email worden gedownload van de email server naar je apparaat (bijvoorbeeld je computer). Daarna verdwijnen die berichten van de server. Met als gevolg dat als je je emails wilt ophalen op een ander apparaat je niet meer je emails zal krijgen die reeds gedownload geweest zijn.
IMAP
IMAP is het protocol dat meer en meer aan populariteit wint. Dit komt omdat het ontworpen is met het oog op meerdere gebruikers/apparaten op één email adres. Alle emails worden bewaard op de email server. Dat komt er op neer dat als je een email binnen krijgt op één apparaat je dat ook nog zal binnenkrijgen op een andere apparaat. Maar het gaat nog verder. Lees je het bericht op een apparaat dan zal dat ook als gelezen gezet worden op al je andere apparaten. Hetzelfde met andere acties zoals verwijderen, verplaatsen enzovoort.